Si utilizas Twitter, ya sabes que la página del servicio no es el lugar adecuado para leeer y enviar mensajes. Necesitas una aplicación que te permita manejar con facilidad los mensajes, amistades, etc. De las muchas aplicaciones para Twitter (Windows), te recomiendo estas dos:
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Tweetdeck: Aplicación que basada en AdobeAir, muy versátil. Presenta tres columnas, una con los mensajes de tus amistades, otra con tus contestaciones o “replies” y otra con los mensajes directos. Tiene una amplia selección de ajustes y es fácil de usar.

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Spaz: Tambiébasada en AdobeAir, pero no tiene tantas opciones como Tweetdeck. Tiene una sola columna que puedes alternar entre mensajes recibidos, enviados y directos. Es una aplicación de código abierto cuya apariencia puedes cambiar y ocupa poco espacio en tu pantalla (parece un Sidebar). Si prefieres algo más simple pero que cubra tus necesidades de Twitter, Spaz en una buena alternativa.

Ambas ocupan menos de 4GB de espacio en el disco duro y no afectan significativamente la memoria, especialmente Spaz.
Si usas Firefox, TwitterFox es el mejor addon para Twitter de los varios disponibles. Te muestra los mensajes de tus amistades, tus “replies” y los mensajes directos y en cada uno de ellos tienes la opción de contestar los mensajes.